O estudo sistemático de línguas indígenas em Universidades brasileiras iniciou-se pela introdução da cadeira de Tupinologia, na USP, pelo Prof. Plínio Ayrosa, dedicada a estudos de caráter filológico, etimológico e histórico. Atualmente, estudos de outras línguas indígenas vem sendo realizados nas universidades e centros de pesquisa brasileiros. A Unicamp oferece curso de Lingüística Indígena, desenvolvendo pesquisas na área de lingüística sincrônica, sobressaindo-se a descrição de línguas da região do Xingu, dentre outras. O Museu Goeldi (PA) e o Museu Nacional (RJ) também destacam-se com os cursos de formação nesta área, em convênio com instituições americanas. 

Em termos de classificação genética, as  línguas indígenas estão atualmente organizadas em dois troncos: o Tupi e o Macro-Jê, e em 36 famílias lingüísticas. A primeira classificação das línguas indígenas no Brasil foi produto do trabalho de missionários e viajantes, que distinguiram as línguas Tupi das demais línguas não pertencentes a esse tronco, denominadas, então, Tapuya. 

No Mapa Etno-histórico do Brasil e regiões adjacentes, produzido por Curt Nimuendaju, entre 1943/1944, as línguas indígenas existentes desde 1500 são classificadas em 40 famílias lingüísticas. Sem incluir as cerca de 30 outras línguas isoladas não classificadas em famílias e as línguas desconhecidas.